Ketika desa kecil Nagoro di Jepang terus menyusut akibat penuaan dan perkembangan industri, jumlah penduduknya tetap hampir stabil berkat seorang seniman lokal yang telah menciptakan replika boneka seukuran manusia dari penduduk yang pindah atau meninggal.

Seniman Jepang, Tsukimi Ayano, kembali ke desa tempat ia dilahirkan dan mendapati banyak tetangganya meninggalkan tempat itu untuk mencari kehidupan yang lebih baik di kota-kota besar. Sementara itu, mereka yang bertahan sering kali tidak bertahan lama. Menghadapi kenyataan pahit tentang berkurangnya populasi desa yang sangat dicintainya, Ayano mengalami pencerahan setelah membuat boneka pengusir burung (kakashi) yang menyerupai almarhum ayahnya. Dari situ, ia berpikir, mengapa tidak melanjutkannya? Ayano mulai menciptakan boneka seukuran manusia yang menggambarkan mantan penduduk desa, dan menempatkannya di berbagai sudut desa dalam berbagai aktivitas, mengikuti jejak kehidupan manusia yang telah pergi.

Setelah lebih dari satu dekade terus berkarya, kini ia telah menciptakan sekitar 350 boneka yang mengisi desa tersebut. Mulai dari pekerja utilitas yang berdiri di tengah perbaikan jalan, nelayan yang menunggu hasil tangkapannya di tepi sungai, hingga sebuah kelas yang dipenuhi murid-murid tak bernyawa yang duduk mendengarkan guru mereka dengan wajah dari kain, desa ini telah berubah menjadi tempat yang menarik (dan sedikit menyeramkan) yang dipenuhi boneka.

Ayano terus merawat ciptaannya, memperbaiki boneka yang rusak dan selalu membuat yang baru. Dengan kurang dari 40 manusia yang tersisa di komunitas tersebut, Nagoro kini telah berevolusi menjadi sebuah negeri dongeng yang terinspirasi oleh kehilangan, kemajuan, dan terutama, boneka.